לפי שמעון גולן, בספרו גבול חם מלחמה קרה: התגבשות מדיניות הביטחון של ישראל 1953-1949, ההתנגשויות המזוינות העיקריות בגבול ישראל מצרים היו אלה שנבעו מההסתננות של פליטים פלסטינים, בעיקר מרצועת עזה. לבד מזה התאפיינו יחסי הגבול בין ישראל ומצרים בתקופה הזאת במגמה של שני הצדדים להימנע מעימותים מזוינים ולפתור עימותים במשא ומתן. עם זאת, עמד כל אחד מהצדדים על שלו בעניינים שבהם ראה אינטרס חיוני. כך, למשל, נמצא פתרון למעמדו של שטח הפקר באזור בית חאנון, שמעמדו זה טמן בחובו פוטנציאל להתנגשויות, על ידי חלוקתו. מעמדו של אזור אילת, שעליו השתלטה ישראל לאחר חתימת הסכם שביתת הנשק עם מצרים, היה שנוי במחלוקת. לפי הסכם שביתת הנשק, הותר לישראל להחזיק באזור סמוך לקו שביתת הנשק רק כוחות הגנה, המבוססים על יישובים. המחלוקת נגעה לשאלה האם אזור ביר אל-קטר, שליד אילת, כלול באזור המוגבל, והיא נפתרה כאשר ישראל, שהאינטרס שלה היה להימנע מחריצת דין בעניין במועצת הביטחון, הודיעה, כי תסיג את כוחות הצבא מהמקום, זאת בהנחה שכאשר תקים שם יישוב, דבר שלא נאסר בהסכם שביתת הנשק – תוכל להכניס לשם כוח צבא בטענה, שהוא מבוסס על היישוב.
מחלוקות נוספות התגלעו באשר למעמדם של שבטי הבדואים, שנהגו לפני קביעתו של קו שביתת הנשק לעבור ממקומות שהיו לאחר קביעת הקו מעברו האחד, למקומות בעברו השני. ישראל העניקה חסות ואזרחות לשבטים שנשארו בשטחה, אך סירבה להעניקו לשבט העזאזמה, שהיה ידוע באיבתו לישראל. כאשר ניסו אנשיו להסתנן לתחומה גירשם צה"ל בחזרה למצרים, תוך הפעלת נשק וירי, שכתוצאה ממנו נהרגו כמה מבני השבט. מצרים גירשה אותם בחזרה לישראל. ועדת שביתת הנשק המעורבת חייבה את ישראל לראות בהם אזרחים ישראליים, אולם צה"ל התנגד להעניק להם אזרחות ישראלית כל עוד ישראל אינה שולטת למעשה באזור שבו התרכזו – אזור עוג'ה אל-חפיר. האזור הזה, שהיווה צומת דרכים בין הנגב לסיני, נקב בהסכם שביתת הנשק כשטח מפורז, שאין להכניס אליו כוחות צבא. בתחילה הפך האזור למקלט, שבו התרכזו אלפי בדואים אשר עסקו בהברחות ובסחר בסמים. בהמשך ניסו שני הצדדים לקבוע את ריבונותם בו. המצרים ניסו לעשות זאת על ידי הנפקת תעודות זהות מצריות לתושביו ופשיטות על שבטי בדואים ישראליים, וישראל הגיבה על כך בהקמת היאחזות נח"ל בפאתי האזור המפורז – היאחזות שהועברה מאוחר יותר לתחומו.